Il nucleo principale della Collezione islamica si è formato negli anni immediatamente seguenti all'istituzione del Museo (1957, inaugurato nel 1958). I materiali provengono da acquisti, in un primo momento effettuati dall'IsMEO oggi IsIAO e dati in deposito al Museo in base ad una specifica convenzione. Si sono poi aggiunti acquisti effettuati direttamente dallo Stato italiano e preziose donazioni da parte di privati, che hanno registrato un incremento notevole negli ultimi anni. Ciò è vero soprattutto per la ricca collezione di ceramiche, il cui nucleo principale era già costituito negli anni Settanta.